Actualmente muchas empresas no cuentan con una clasificación exhaustiva de los residuos que generan. Esta situación lleva a que muchos residuos no se estén gestionando de forma óptima, por lo que producen costes económicos, riesgos para el medio ambiente y la salud de las personas y, sobre todo, incumplimientos legales que ponen a las empresas en una delicada situación frente a posibles inspecciones.

La siguiente cuestión es la falta de personal especializado en la gestión de residuos. Se requiere de un adecuado conocimiento de los procesos productivos, los requisitos legales aplicables a cada uno de los residuos, las consideraciones ambientales y riesgos que implican las distintas alternativas de gestión posibles, valoración económica de todos los elementos que involucrados y capacidad para informar y coordinar a los distintos agentes involucrados en la organización.

Los cambios en la organización de las empresas, así como en los procesos productivos son un obstáculo a la hora de establecer indicadores que permitan seguir la evolución en la producción de residuos peligrosos a lo largo de periodos de tiempo suficientemente amplios como para evaluar tendencias. Esta circunstancia se propicia por la falta de datos o la escasa fiabilidad de los mismos cuando la gestión de residuos no se lleva de una manera estricta.

Por último, la descoordinación entre los distintos departamentos de una empresa y la falta de un enfoque global de los procesos es la dificultad principal para conseguir la visión integradora que requiere un estudio serio de minimización de residuos peligrosos.